Қазақстанның территориясы сегіз су шаруашылықтық бассейндеріне бөлінеді: Балқаш-Алакөл, Ертіс, Арал-Сырдария, Орал-Каспий, Есіл, Нұра-Сарысу, Шу-Талас және Тобыл-Торғай.
Орталық азия аймағының қарқынды экономикалық дамуы, және атап айтқанда ауыл шаруашылығының дамуы су қорларының саяси қысымның құралы болуына әкелді.
Егер Нұра-Сарысу және Шу-Талас бассейндерін есепке алмағанда, барлық қалғандары басқа елдердің территорияларында бастамаларын алатын трансшекаралық өзендердің есебінен құрылады. Сондықтан су қорларының саласында Қазақстан өзінің көршілері Қытай, Ресей, Қырғызстан және Өзбекистан сияқты елдерден қатты тәуелділікте болады.
Өзендердің жоғарғы жақтары орналасатын, көрші елдердің территорияларында орналасқанына қарамастан, мәселені шаруашылық және өнеркәсіптік қажеттіліктерге трансшекаралық өзендердің суларын сұраптаудың бақыланатын өсімі тудырады. Ғылыми қызметкерлердің болжамдары бойынша өзен суларының 100,5 км3 орташа көп жылдық көлемінде 2020 жылға қарай Қазақстанның беттік сулар ағынының 15-18 км3 қысқаруы болжамдалады, олардың шамалы 12 км3 басқа елдердің су тартудың өсуімен шартталатын болады.
Орал өзенінің мәселелеріне үлкен назар аудару керек. 2008-2009 жж. қуаң ауа райы және Ресей Федерациясының Ириклинское су қоймасынан су өткізуінің төмендеуі өзендегі су көлемінің үш ретті төмендеуіне әкелді. Нижне-Волжск су шаруашылық басқармасы әкімшілігінің сөздері бойынша су қоймасымен 2008-2009 жж. 1,1 млрд. м3 ылғал кем алғанына қарамастан, судың түсірімі 25 м3/с деңгейінде сақталады, дегенмен, мамандардың айтуы бойынша түсірімнің қажетті деңгейі минимум 60 м3/с құру керек.
Су ағармен күрделі жағдайы Арал-Сырдарияны қоректендіретін, Сырдария өзенінде қадағаланады, бұл Қазақстан өкіметінің қосымша Көксарай су қоймасын құруға мәжбүр етті. Сырдария өзенінің алабы су және төмендегі төрт мемлекет үшін гидроэнергия көзі болып табылады: Қазақстан, Өзбекистан, Қырғыстан және Тәжікстан. Қырғыз СЭС қысқы кезеңде электрэнергиясының қосымша көлемдерін генерациялау үшін су ағарды үлкейту мүмкіндігі болу үшін, су қоймаларына суды жазғы кезеңде жинақтайды. Сонымен қатар ағыстан төмен орналасатын, Өзбекистан мен Қазақстанның қажеттіліктері қырғыз жағының қызығушылықтарымен сәйкес келмейді.
Берілген мәселені шешу үшін Қазақстан жол беріп, Сырдарияға су ағытқышты қалпына келтіру үшін, Қырғызстаннан сумен қатар электрэнергиясын да сатып алуға мәжбүр болды, бірақ өзінің Қазақстанға суды өткізу міндеттемелерін орындамаған қосымша көлемдер Өзбекистан алқаптарында жоғалтылды.
Егер бұрыңғы кеңес республикаларымен сұхбат, қандай да түрде болмасын, жүретін болса, онда Қытаймен сұхбаттың динамикасы едәуір аз және сауал мәселенің мониторингінен алыс қозғалмайды.
Сол уақытта Ертіс-Қарамай каналының құрылысы және Қытай экономикасының қарқынды дамуы, соңғы он жылда Ертіс бассейнінің экологиясына елеулі соққыны береді. Бүгінгі күні тура сондай жағдай Балқаш-Алакөл су бассейнінде де пайда болуда. Іле өзенінің жоғарғы жағында су тартудың өсуіне байланысты Балқаш көлі Арал теңізінің тағдырын қайталауы мүмкін.
2011 жылдың ақпан айында жоғарғы деңгейдегі кездесуде трансшекаралық өзендердің суларын қорғау туралы үкіметаралық келісімге қол қойылған, оған сәйкес екі жақ та судың сапасын бақылау бойынша өздеріне өте қатал міндеттемелерді алады. Бірақ жақтардың су тартудың лимиттеріне қатысты бірыңғай ұстанымды қалыптастыра алмады.
